Puolustusvoimien ylilääkäri johtaa puolustusvoimien rauhanajan terveydenhuoltoa, ympäristönvalvontaa ja sotilaslääketieteellistä tutkimus- ja kehittämistoimintaa sekä puolustusvoimien vastuulle kuuluvaa poikkeusolojen terveydenhuoltoa ja sen valmistelua sekä kenttälääkinnän kehittämistä ja koulutusta.